Il Centro Città d'Acqua ha definito tre ambiti principali della propria attività: la rivitalizzazione delle aree urbane di Waterfront, che implica anche una particolare attenzione per il recupero del patrimonio storico-industriale (Archeologia industriale) legato all'acqua; i molteplici aspetti della Relazione città-porto; il rilancio del Trasporto urbano d'acqua.

Il Centro organizza, su questi argomenti, Incontri Internazionali e promuove Collaborazioni con Istituzioni, Enti o Associazioni, sia italiane che di altri paesi; cura inoltre la definizione dei contenuti e la divulgazione degli esiti di Progetti europei, incentrati sui temi riguardanti l'azione del Centro stesso.